Durante la Guerra Civil de EE.UU., una extraña y gigantesca criatura marina hunde cualquier embarcación que se cruza en su camino. El “Abraham Lincoln”, un barco de la marina norteamericana, es enviado a la zona para investigar los misteriosos naufragios. El monstruo resulta ser un fantástico submarino, el “Nautilus”, al mando del Capitán Nemo: un hombre de enigmático carácter que busca vengarse del aventurero inglés Charles Denver que, tiempo atrás, cuando Nemo era príncipe en la India, provocó la muerte de la esposa de Nemo, la princesa Daaker, y la desaparición de su joven hija.